秦皇岛口岸褐家鼠携带汉坦病毒S基因序列分析

doi:10.11853/j.issn.1003.8280.2017.05.021

中国媒介生物学及控制杂志 ›› 2017, Vol. 28 ›› Issue (5): 487-489.DOI: 10.11853/j.issn.1003.8280.2017.05.021

秦皇岛口岸褐家鼠携带汉坦病毒S基因序列分析

李云¹, 史玲莉¹, 刘荐男², 闫冀焕¹, 聂维忠³, 刘淑萍³

1 河北国际旅行卫生保健中心, 石家庄 050091;
2 河北省食品检验研究院, 石家庄 050000;
3 秦皇岛出入境检验检疫局, 河北秦皇岛 066004

收稿日期:2017-06-21 出版日期:2017-10-20 发布日期:2017-10-20
作者简介:李云,女,医学硕士,副主任检验师,副科长,从事卫生检疫工作,Email:liyun0302@aliyun.com

S gene sequence analysis of Hantavirus carried by the Rattus norvegicus from Qinhuangdao port

LI Yun¹, SHI Ling-li¹, LIU Jian-nan², YAN Ji-huan¹, NIE Wei-zhong³, LIU Shu-ping³

1 Hebei International Travel Health Center, Shijiazhuang 050091, Hebei Province, China;
2 Hebei Food Inspection and Research Institute;
3 Qinhuangdao Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau

Received:2017-06-21 Online:2017-10-20 Published:2017-10-20

摘要/Abstract

摘要： 目的了解河北省秦皇岛口岸褐家鼠携带汉坦病毒情况及其基因型。方法褐家鼠标本于2016年7月28日采自河北省秦皇岛港渤海船务有限公司货堆区和生活区，运用实时荧光PCR检测标本汉坦病毒核酸并进行核苷酸同源性和进化树分析。结果从1只褐家鼠中检测到汉坦病毒核酸阳性，经汉坦病毒S基因序列测定和同源性分析，与国内外汉城型（SEO型）汉坦病毒相似性较高（87.3%~97.9%），与汉滩型（HTN型）汉坦病毒及其他类型汉坦病毒相似性较低（<55%）。系统进化树显示该病毒株与SEO型汉坦病毒汇聚一支，且与S3亚型在同一分支，与辽宁省褐家鼠中的病毒株亲缘关系最近。结论河北省秦皇岛口岸褐家鼠携带的汉坦病毒SEO型为S3亚型，与河北省所流行的汉坦病毒种类一致。

关键词: 褐家鼠, 汉坦病毒, 实时荧光聚合酶链式反应, S基因

Abstract: Objective To understand the genetic type and characteristics of Hantavirus carried by Rattus norvegicus in Qinhuangdao port. Methods Real-time PCR and sequencing technology were applied to detect the nucleic acid of Hantavirus. And the homologous and phylogenetic analysis of positive sequence were also accomplished. Results One of the R. norvegicus showed positive result for Hantavirus. Homogeneous analysis demonstrated that the nucleic acid sequence of Hantavirus S gene was high identity with Seoul(SEO)virus from both home and abroad. Phylogenetic analysis showed that Qinhuangdao Hantavirus was clustering together with S3 sub- genotype of Seoul(SEO)virus, and was most closely related to the isolate from Liaoning province. Conclusion The genotype of hantavirus carried by R. norvegicus in Qinhuangdao is SEO virus and the sub-genotype is S3 which is consistent with the popular type of hantavirus in Hebei province.

Key words: Rattus norvegicus, Hantavirus, Real-time PCR, S gene

中图分类号:

李云, 史玲莉, 刘荐男, 闫冀焕, 聂维忠, 刘淑萍. 秦皇岛口岸褐家鼠携带汉坦病毒S基因序列分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(5): 487-489.

LI Yun, SHI Ling-li, LIU Jian-nan, YAN Ji-huan, NIE Wei-zhong, LIU Shu-ping. S gene sequence analysis of Hantavirus carried by the Rattus norvegicus from Qinhuangdao port[J]. Chines Journal of Vector Biology and Control, 2017, 28(5): 487-489.

参考文献

[1] Zhang YZ,Zhang HL,Dong XQ,et al. Hantavirus outbreak associated with laboratory rats in Yunnan,China[J]. Infect Genet Evol,2010,10(5):638-644.
[2] 章国宝,应丽红,雷永良. 汉坦病毒检测技术研究进展[J]. 中国病毒病杂志,2015,5(6):476-480.
[3] 白雪帆,王平忠. 肾综合征出血热和汉坦病毒肺综合征研究进展[J]. 中国病毒病杂志,2011,1(4):241-245.
[4] 徐永妮,曹梦远,叶伟,等. 汉坦病毒感染对Ⅰ型干扰素应答的调节机制[J]. 微生物学免疫学进展,2014,42(3):44-48.
[5] 韩占英,韩旭,魏亚梅,等. 2008-2012年河北省肾综合征出血热监测及流行特征研究[J]. 中国人兽共患病学报,2014, 30(9):947-950.
[6] Kang YJ,Zhou DJ,Tian JH,et al. Dynamics of hantavirus infections in humans and animals in Wuhan city,Hubei,China[J]. Infect Genet Evol,2012,12(8):1614-1621.
[7] 魏亚梅,韩旭,韩占英,等. 河北省肾综合征出血热主要流行区鼠携带汉坦病毒基因序列分析[J]. 中国病毒病杂志, 2013,3(6):435-438.
[8] 韩占英,张艳波,魏亚梅,等. 2007年河北省肾综合征出血热流行特征分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志,2009,20(3):243-245.
[9] 王芹,曲靖,张全福,等. 2013年全国肾综合征出血热疫情及监测分析[J]. 疾病监测,2015,30(6):440-447.
[10] Larkin MA,Blackshields G,Brown NP,et al. Clustal W and Clustal X version 2.0[J]. Bioinformatics,2007,23(21):2947-2948.
[11] Tamura K, Dudley J, Nei M, et al. Mega 4:Molecular evolutionary genetics analysis(Mega)software version 4.0[J]. Mol Biol Evol,2007,24(8):1596-1599.
[12] Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies:an approach using the bootstrap[J]. Evolution,1985,39(4):783-791.
[13] 陶旭. 2013年秦皇岛市肾综合征出血热监测及疫情分析[J]. 职业与健康,2014,30(18):2646-2648.
[14] 聂维忠,陈爱君. 秦皇岛口岸一艘疫船流行性出血热暴发流行原因调查分析[J]. 口岸卫生控制,1999,4(2):20-21.
[15] 陶旭,彭勋,贾春辉,等. 2005-2013年秦皇岛市肾综合征出血热宿主动物监测分析[J]. 职业与健康,2015,31(21):2986-2988.

秦皇岛口岸褐家鼠携带汉坦病毒S基因序列分析

S gene sequence analysis of Hantavirus carried by the Rattus norvegicus from Qinhuangdao port

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	刘天, 夏世国, 梅芳盛, 郝海波, 聂晓培, 黄继贵, 姚梦雷, 刘力, 杨瑞, 胡兵, 吴杨, 童叶青, 陈琦. 湖北省荆州市2017－2018年肾综合征出血热宿主动物监测结果分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(4): 469-473.
[2]	胡挺松, 胡秋凌, 李绍雄, 黄勇, 胡海梅, 高丽芬, 罗琼梅, 何永芝, 周永存, 张海林, 张富强. 云南省楚雄市2015-2018年肾综合征出血热流行特征及宿主动物调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(2): 152-157.
[3]	车雷, 张国斌, 高丹, 赵梁, 王晓丽. 沈阳市鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(1): 91-94.
[4]	刘天, 黄继贵, 郝海波, 李斌, 刘漫, 刘力, 夏世国, 毛安禄. 湖北省荆州市2017年肾综合征出血热流行特征及宿主动物调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(6): 609-612.
[5]	刘阳, 张韶华, 梁焯南, 朱毅朝, 梁桂. 广东省深圳市2017年褐家鼠对抗凝血杀鼠剂抗药性研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(6): 617-620.
[6]	尹小平, 宋峰林, 赵姗姗, 田延河, 巴特尔, 程天立, 张江国, 高玉峰. 中国-哈萨克斯坦边境阿拉山口地区小兽携带汉坦病毒调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(1): 38-41.
[7]	王妍, 魏亚梅, 韩旭, 韩占英, 蔡亚男, 齐顺祥, 李琦. 河北省肾综合征出血热疫区鼠类构成及其携带汉坦病毒调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(6): 553-556.
[8]	叶海波, 万道正, 许佳, 云小云, 张晓龙, 覃凤葵, 陈健超, 方勇, 姚李四. 广西地区部分口岸鼠传疾病病原体调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(4): 343-346.
[9]	黄鹏, 杨章女, 刘源, 姚苹苹, 胡建利, 王笑辰, 俞建家, 李军, 韩亚萍, 金柯, 杨龙, 张云, 岳明. 东南沿海地区1980-2015年汉坦病毒分子特征及流行病学分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(4): 354-358.
[10]	胡双双, 吴炳耀, 何江, 陆永昌, 杨庆贵, 陈峰, 孙立新. 江苏口岸褐家鼠线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的遗传多态性研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(1): 31-34.
[11]	赵爽, 陈志强, 詹志辉, 叶婷婷, 王秀彦. 南沙口岸鼠形动物汉坦病毒感染状况调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(6): 591-593.
[12]	魏亚梅, 韩占英, 张艳波, 韩旭, 蔡亚男, 许永刚, 齐顺祥, 李琦. 河北省汉坦病毒的分离、复苏及分型[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(5): 447-449.
[13]	姚丹丹, 隋晶晶, 冯志勇. 湛江市褐家鼠种群年龄划分及繁殖特征[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(5): 454-458.
[14]	郭婷, 张海林, 张云智. 食虫动物相关汉坦病毒的研究进展[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(3): 305-307.
[15]	高云霞, 李小波, 方盛藩, 颜杰, 黄鹂, 张显光, 方树春, 邓荆, 丁国允, 黄吉城. 广东口岸鼠形动物间鼠疫耶尔森菌和汉坦病毒感染状况调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(2): 137-140.