新发虫媒病毒:基因A型版纳病毒全基因组序列扩增引物

doi:10.11853/j.issn.1003.8280.2016.06.002

中国媒介生物学及控制杂志 ›› 2016, Vol. 27 ›› Issue (6): 533-538.DOI: 10.11853/j.issn.1003.8280.2016.06.002

新发虫媒病毒:基因A型版纳病毒全基因组序列扩增引物

刘红^1,2, 梁国栋²

1. 山东理工大学生命科学学院生物技术系, 山东淄博 255000;
2. 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒性脑炎室, 传染病预防控制国家重点实验室, 北京 102206

收稿日期:2016-07-21 出版日期:2016-12-20 发布日期:2016-12-20
通讯作者: 梁国栋,Email:gdliang@hotmail.com
作者简介:刘红,女,博士,讲师,主要从事病毒分子生物学与生物信息学,Email:liuhongseminar@126.com
基金资助:
国家自然科学基金重大项目（81290342）；国家自然科学基金（81301479，81501757）；山东省自然科学基金（ZR2013HQ008）；传染病预防和控制重点实验室发展项目（2014SKLID103）

The genotype A specific primers for amplifying and sequencing the whole genome of Banna virus

LIU Hong^1,2, LIANG Guo-dong²

1. School of Life Sciences, Shandong University of Technology, Zibo 255000, Shandong Province, China;
2. Department of Viral Encephalitis, State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control, National Institute for Viral Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention

Received:2016-07-21 Online:2016-12-20 Published:2016-12-20
Supported by:
Supported by the of National Natural Science Foundation of China(Major Program) (No. 81290342), the National Natural Science Foundation of China(No. 81301479, 81501757), the Natural Science Foundation of Shandong Province of China (No. ZR2013HQ008) and the Development Grant of State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control (No. 2014SKLID103)

摘要/Abstract

摘要：

目的设计版纳病毒型别特异性测序引物，为构建快速高效经济的版纳病毒全基因组测序平台奠定基础。方法根据GenBank已知的版纳病毒基因序列信息进行基因型分析，采用Primer Premier v6.0及Oligo 7.56软件完成版纳病毒亚型特异性扩增引物的设计与评估。使用中国分离的30株版纳病毒进行版纳病毒型别特异性引物工作效率验证和评估。结果通过对30株隶属于2个不同基因亚型的版纳病毒开展全基因组序列测定，获得2套型别工作效率高、扩增效果稳定的基因A型特异性版纳病毒全基因组序列扩增测序引物。基因A1亚型引物一套共26对；基因A2亚型引物一套共计30对。完成了30株版纳病毒全基因组序列扩增。结论设计的版纳病毒型别特异性扩增测序引物可以高效准确地完成版纳病毒全基因组序列扩增，为进一步深入研究版纳病毒分子生物学特征奠定了基础。

关键词: 版纳病毒, 基因型, 测序

Abstract:

Objective In order to construct fast and efficient genome sequencing platform of Banna virus (BAV), we designed specific-type sequencing primers for BAV. Methods In this study, primer design software Primer Premier v6.0 was used to design the BAV genotype A specific amplification and sequencing primers to analyze the genotype, the sequences of which were based on the information of BAV on GenBank. Meanwhile, the whole-genome sequences of type A1 and A2 of 30 strains of BAV isolated in China, were sequenced by these primers. Results Two sets of specific amplification and sequencing primers for BAV were designed, 26 pairs for gene A1 subtype, and 30 pairs for gene A2 subtype. Moreover, the whole-genome sequences of 30 strains of BAV were amplified. Conclusion Specific amplification primers of BAV with high efficiency and accuracy were designed, laying foundation for further studies on biological feature of BAV.

Key words: Banna virus, Genotype, Sequencing

中图分类号:

R373.3

刘红, 梁国栋. 新发虫媒病毒:基因A型版纳病毒全基因组序列扩增引物[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(6): 533-538.

LIU Hong, LIANG Guo-dong. The genotype A specific primers for amplifying and sequencing the whole genome of Banna virus[J]. Chines Journal of Vector Biology and Control, 2016, 27(6): 533-538.

参考文献

[1] Fauquet CM,Mayo MA,Maniloff J,et al. Virus taxonomy. Ⅷ^th report of the international committee on taxonomy of viruses[M]. San Diego:Elsevier Academic Press, 2005:504-510.
[2] 徐普庭,王逸民,左建民,等. 从云南省无名热病人和脑炎病人分离到新环状病毒[J]. 病毒学报, 1990, 6(1):27-33.
[3] Liu H,Li MH,Zhai YG,et al. Banna virus,China,1987-2007[J]. Emerg Infect Dis, 2010, 16(3):514-517. DOI:10.3201/eid1408.080100.
[4] Reuter G, Boros A, Delwart E, et al. Novel seadornavirus(family Reoviridae)related to Banna virus in Europe[J]. Arch Virol, 2013, 158(10):2163-2167. DOI:0.1007/s00705-013-1712-9.
[5] Liu H, Gao XY, Liang GD. Newly recognized mosquito-associated viruses in mainland China,in the last two decades[J]. Virol J, 2011, 8:68. DOI:10.1186/1743-422X-8-68.
[6] Liu H, Gao XY, Fu SH, et al. Molecular evolution of emerging Banna virus[J]. Infect Genet Evol, 2016, 45:250-255. DOI:10.1016/j.meegid.2016.08.034.
[7] Attoui H,Billoir F,Cantaloube JF,et al. Strategies for the sequence determination of viral ds RNA genomes[J]. J Virol Methods, 2000, 89(1/2):147-158.
[8] Nabeshima T, Nga PT, Guillermo P,et al. Isolation and molecular characterization of Banna virus from mosquitoes,Vietnam[J]. Emerg Infect Dis, 2008, 14(8):1276-1279.
[9] Attoui H, Jaafar FM, De Micco P, et al. Coltiviruses and seadornaviruses in North America, Europe, and Asia[J]. Emerg Infect Dis,2005,11(11):1673-1679. DOI:10.3201/eid1111.050868.
[10] 刘红,梁国栋. 版纳病毒及其感染[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2010, 21(5):502-504.
[11] Jaafar FM, Attoui H, Mertens PP, et al. Identification and functional analysis of VP3, the guanylyltransferase of Banna virus(genus Seadornavirus, family Reoviridae)[J]. J Gen Virol, 2005, 86(Pt 4):1141-1146.
[12] Barzon L, Lavezzo E, Costanzi G, et al. Next-generation sequencing technologies in diagnostic virology[J]. J Clin Virol, 2013, 58(2):346-350.

[1]	栗冬梅, 周若冰, 李寿江, 鲁亮, 饶华祥, 宋秀平, 李庆多, 刘起勇. 纳米孔测序实时检测鼠传巴尔通体[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(4): 390-397.
[2]	杨小娜, 张琳, 侯学霞, 郝琴. 16S rDNA全长高通量测序在蜱媒病原生物多样性研究中的应用[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2021, 32(4): 404-411.
[3]	南晓伟, 解新霞, 于红敏, 司晓艳, 陈继来, 张晨光, 张秀红. 内蒙古包头市2018年一起流行性乙型脑炎疫情的媒介蚊虫及感染虫媒病毒调查[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(6): 652-656.
[4]	周洁, 周晓君, 轩断断, 潘良源, 梁佳欣, 陈宗亮, 张萌萌, 苏容玉, 边晨缤, 董雨欣, 胡守奎, 牛莉娜. 海南岛中部山区鼠类肠道菌群多样性研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(5): 596-601.
[5]	胡挺松, 李应, 胡秋凌, 吴学林, 高丽芬, 李国伟, 王志勇, 胡海梅, 王意银, 张海林, 张富强. 云南省楚雄州恙虫病流行特征及其病原体东方体基因分型研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(3): 282-288.
[6]	闫冬明, 赵宁, 赵春春, 王君, 宋秀平, 朱彩英, 刘起勇, 张钦凤. 纳米孔测序技术研究进展[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2020, 31(3): 380-384.
[7]	李思思, 张晓雨, 张艳凯, 刘敬泽. 内蒙古地区全沟硬蜱细菌群落结构及多样性分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(6): 607-612.
[8]	段兴德, 何志海, 高子厚, 蒋宝贵, 龚正达, 张云, 邵宗体, 江佳富, 孙毅, 刘洪波, 姚明国, 王帆, 杜春红. 云南省边境地区卵形硬蜱中中华基因型伯氏疏螺旋体的检出和鉴定[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(5): 519-523.
[9]	刘维俊, 肖方震, 林思娴, 韩腾伟, 周淑姮, 邓艳琴. 福建省5县（市）鼠类感染伯氏疏螺旋体的调查研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2019, 30(3): 320-323.
[10]	程睿, 付士红, 范娜, 何英, 雷雯雯, 王环宇, 王斌, 鲁晓晴, 梁国栋. 中华按蚊分离的版纳病毒全基因组序列测定与分子遗传进化分析[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2018, 29(6): 550-556.
[11]	单振菊, 邱德义, 陈健, 岳巧云. 二代测序技术检测不同环境下美洲大蠊携带细菌的研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(6): 543-549.
[12]	刘营, 孙继民, 凌锋, 卢苗贵, 施旭光, 任江萍, 张蓉, 陈恩富. 基于分子生物学技术的吸血节肢动物血餐宿主鉴定方法研究概述[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(6): 603-607.
[13]	陈健, 岳巧云, 邱德义, 刘德星. 二代测序技术检测大头金蝇携带细菌的研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2017, 28(2): 124-130.
[14]	韩娜, 张琳, 张雯, 强裕俊, 侯学霞, 陈晨, 郝琴, 张媛媛. 长角血蜱细菌群落结构及多样性研究[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2016, 27(5): 426-431.
[15]	李辞修, 施莽, 田俊华, 李明慧, 覃新程. 利用高通量测序技术检测流行性乙型脑炎病毒[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2015, 26(5): 439-442.

新发虫媒病毒:基因A型版纳病毒全基因组序列扩增引物

The genotype A specific primers for amplifying and sequencing the whole genome of Banna virus

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价