Research progress of gene prediction methods

Chines Journal of Vector Biology and Control ›› 2009, Vol. 20 ›› Issue (3): 271-273.

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Research progress of gene prediction methods

ZHANG En-Min, HAI Rong, YU Dong-Zheng

Received:2009-04-07 Online:2009-06-20 Published:2009-06-20

基因预测方法的研究进展

张恩民，海荣，俞东征

传染病预防控制国家重点实验室，中国疾病预防控制中心传染病预防控制所人兽共患病室（北京 102206）

通讯作者: 俞东征，Email: yudongzheng@icdc.cn
作者简介:张恩民（1978-），男，硕士研究生，从事鼠疫、炭疽疾病控制工作

Abstract

摘要：

　　【摘要】　基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类：一类是基于相似性的预测方法，即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段，达到基因预测的目的；另一类是基于统计学模型的从头预测方法，即利用统计学模型训练出相应参数，再对基因进行预测，这种方法可不依赖已知的DNA序列进行预测。现就基因预测的方法、基因预测中存在的一些问题等做一概述。

关键词: 基因预测, 剪接联配, 开放读码框, 马尔可夫模型

CLC Number:

ZHANG En-Min, HAI Rong, YU Dong-Zheng. Research progress of gene prediction methods[J]. Chines Journal of Vector Biology and Control, 2009, 20(3): 271-273.

张恩民，海荣，俞东征. 基因预测方法的研究进展[J]. 中国媒介生物学及控制杂志, 2009, 20(3): 271-273.

［1］ Gish W，   States DJ.   Identification of   protein   coding   regions by database similarity search［J］. Nat Genet，1993，3（3）：266-272.
［2］ Snyder EE， Stormo GD. Identification of protein coding regions in genomic DNA［J］. J Mol Biol， 1995，248（1）：1-18.
［3］ Gelfand MS， Mironov AA， Pevzner PA. Gene recognition via spliced sequence alignment［J］. Proc Natl Acad Sci USA， 1996，93（17）：9061-9066.
［4］ Mott R. EST_GENOME： a program to align spliced DNA sequences to unspliced genomic DNA［J］. Comput Appl Biosci，1997，13（4）：477-478.
［5］ Florea L， Hartzell G， Zhang Z， et al. A computer program for aligning a cDNA sequence with a genomic DNA sequence［J］. Genome Res， 1998，8（9）：967-974.
［6］ Sarah JW， Deanna MC， James MO.   Spidey： a tool for mRNA-to-genomic alignments［J］. Genome Res， 2001，11（11）：1952-1957.
［7］ Brent   MR.   Genome   annotation past， present， and   future： how to define an ORF at each locus［J］. Genome Res，2005，15（12）：1777-1786.
［8］ Birney E， Clamp M， Durbin R.    Genewise   and   genomewise［J］. Genome Res， 2004，14（5）：988-995.
［9］ Korf I， Flicek P， Duan D， et al. Integrating genomic homology into gene structure prediction［J］. Bioinformatics， 2001，17 Suppl 1：S140-148.
［10］ Wei CC， Brent MR. Using ESTs to improve the accuracy of de novo gene prediction［J］. BMC Bioinformatics，2006，7：327.
［11］ Lukashin AV， Bordovsky M. GeneMark. hmm： new solutions for gene finding［J］. Nucleic Acids Res， 1998，26（4）：1107-1115.
［12］ Howe KL， Chothia T， Durbin R. GAZE： a generic framework for the integration of gene-prediction data by dynamic programming［J］. Genome Res， 2002，12（9）：1418-1427.
［13］ Uberbacher EC， Mural RJ. Locating protein?coding regions in human DNA sequences by a multiple sensor-neural network approach［J］. Proc Natl Acad Sci USA， 1991，88（24）：11261-11265.
［14］ Zhang MQ. Identification of protein coding regions in the human genome by quadratic discriminant analysis［J］. Proc Natl Acad Sci USA， 1997，94（2）：565-568.
［15］ Kotlar D， Lavner Y. Gene prediction by spectral rotation measure： a new method for identifying protein-coding regions［J］. Genome Res， 2003，13（8）：1930-1937.
［16］ Zhu HQ， Hu GQ， Yang YF， et al. MED： a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes［J］. BMC Bioinformatics， 2007，8：97.
［17］ Delcher AL， Harmon D， Kasif S， et al. Improved microbial gene identification with GLIMMER［J］. Nucleic Acids Res， 1999，27（23）： 4636-4641.
［18］ Salzberg S， Delcher A， Kasif S， et al. Microbial gene identification using interpolated Markov models［J］. Nucleic Acids Res，1998，26（2）：544-548.
［19］ Delcher AL， Bratke KA， Powers EC， et al. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer［J］. Bioinformatics， 2007，23（6）：673-679.
［20］ Burge C，Karlin S. Prediction of complete gene structures in human genomic DNA［J］. J Mol Biol， 1997，268（1）：78-94.
［21］ Salamov AA， Solovyev VV. Ab initio gene finding in Drosophila genomic DNA［J］. Genome Res， 2000，10（4）：516-522.
［22］ Li H， Liu JS， Xu Z， et al. Test data sets and evaluation of gene prediction programs on the rice genome［J］. J Compute Sci Technol， 2005，20（4）：446-453.
［23］ Pertea M， Salzberg SL. Using GlimmerM to find genes in eukaryotic genomes［J］. Curr Protoc Bioinformatics， 2002，4：Unit4.4.
［24］ Majoros WH， Pertea M， Antonescu C， et al. GlimmerM， Exonomy and Unveil： three ab initio eukaryotic genefinders［J］. Nucleic Acids Res， 2003，31（13）：3601-3604.
［25］王俊，丛丽娟，郑洪坤. 常用生物数据分析软件［M］. 北京：科学出版社， 2008：200.
［26］ Allen JE， Pertea M， Salzberg SL. Computational gene prediction using multiple sources of evidence［J］. Genome Res，2004，14（1）：142-148.

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